Porfirio Díaz fue quién personalmente se encargó de sus planos, por medio de un catálogo a una compañía Inglesa iniciando su construcción en el año de 1898, siendo inaugurado el 16 de Octubre de 1902 por el mismo Don Porfirio Díaz.   
Este Edificio se levantó entre los Ríos Pánuco y Tamesí.

Al inicio contaba con un puerto de madera que lo comunicaba con tierra firme, y que hasta 1918 fue sustituido por uno de acero. 

El Edificio es de estilo inglés, construido con elementos prefabricados de tabique rojo y hierro fundido, los elementos de herrería de este edificio fueron importados de Francia, los elementos de madera como puertas, ventanas, fueron importadas de Lousiana, Estados Unidos.

En este aspecto desempeñan un papel muy importante las 26 agencias aduanales que representan formalmente a importadores y exportadores, al realizar una función tan delicada como la de clasificar las mercancías para calcular el monto de los derechos y responsabilizarse solidariamente con sus clientes.

El volumen de mercancías supervisado por la Aduana en 1989 ascendió a 1 896 020 toneladas, de las cuales 1 244 210 correspondieron al renglón de importaciones y 651 810 al de exportaciones; las cifras de 1988 fueron 1 603 407, 782 694 y 820 713, respectivamente.